Özet

Bu çalışmada, mitokondriyal cox3 ve rnl genlerinin varyasyonlarına dayalı olarak Fusarium graminearum izolatları arasındaki filogenetik ilişki ilk kez ortaya kondu. cox3 ve rnl genleri polimeraz zincir reaksiyonu ile 2 Kore suşu ile Türkiye ve İran'dan saflaştırılan 45 izolattan çoğaltıldı. Amplikonlar dizilendi ve hizalama analizleri ile nükleotid polimorfizmleri tespit edildi. Filogenetik ilişki, maksimum tutumluluk yöntemiyle PAUP 4.0a programı kullanılarak oluşturuldu. 46 örnekten cox3'e ait 477 bp uzunluğunda fragmentler çoğaltılırken; rnl genine ait 1547 bp-amplikon 45 örnekten çoğaltıldı. cox3 ve rnl için dizi benzerlikleri sırasıyla %30-100 ve %17-94 aralığında hesaplandı. rnl gen bölgesinde, cox3’e kıyasla nukleotid varyasyonlarının daha yüksek oranda taşındığı belirlendi. Kodlama bölgelerinde bulunan SNP'lerin ve in-del'lerin gen fonksiyonlarını etkilemeden çerçeve kaymasına neden olduğu ve bu varyasyonların birden fazla kodonu değiştirebildiği belirlendi. Filogenetik analizlerle hesaplanan cox3 ve rnl veri setine ait bootstrap değerleri sırasıyla %57 ile %84 ve %54 ile %100 arasında hesaplandı. Parsimoni analizi, Kore izolatlarının Türk ve İran izolatları ile monofiletik ilişki içinde olduğunu ortaya koydu. Fusarium’da tür içi filogenetik ilişkilerin mitokondriyal gen varyasyonuna dayalı olarak belirlenebilmesi nedeniyle yöntemin diğer mantar türlerine de uygulanabileceği önerilmektedir.