Özet

İnterlökin 7 (IL7)-İnterlökin 7 Reseptör Alfa (IL7RA) sinyali hematolojik kanserlerde iyi araştırılmış, ancak, solid kanserlerdeki rolünün daha fazla araştırılması gerekmektedir. Son yapılan bir çalışmada, IL7R leptomeningeal karsinomda anahtar gen olarak tanımlanmıştır. Meme, akciğer ve deri kanserlerinden kaynaklanan leptomeningeal karsinomda, ne yazık ki sınırlı sayıda hasta verisi bulunmaktadır. Bu çalışmada, akciğer, meme ve deri kanserlerinde patolojik öneme sahip olabilecek IL7RA yanlış anlamlı mutasyonları bilgisayarlı olarak analiz edildi. GDC veri portalı kullanılarak, 3250 hastadan alınan akciğer, meme ve deri kanseri verileri filtrelenerek IL7RA yanlış anlamlı mutasyonları listelendi. Patojenik varyantları ortaya çıkarmak için Sorting Intolerant From Tolerant (SIFT), Polymorphism Phenotyping v2 (PolyPhen2), Universal Mutation Database Predictor (UMD-Predictor)ve Single Nucleotide Polymorphisms & Gene Ontology (E-SNP&GO) sunucuları kullanıldı. Korunma puanları analiz etmek için Conservation Surface Mapping (ConSurf) kullanıldı. Domain adları InterPro aracıyla araştırıldı. IL7-IL7RA'nın moleküler yerleştirilmesi ClusPro, Mutational Binding free energy change predictor 2 (Mutabind2) ve Protein-Ligand Interaction Profiler (PLIP) sunucuları tarafından gerçekleştirildi. Mutasyonların stabilitesi Impact-Mutant 2.0 (I-Mutant2), Mutation Protein Stability Prediction (MUpro) ve Impact of Non-synonymous mutations on Protein Stability-Multi Dimension (INPS-MD) ile analiz edildi. Yapısal değişiklikler Dynamic Mutation predictor 2 (DynaMut2) ve Have (y)Our Protein Explained (HOPE) sunucuları kullanılarak belirlendi. Tanımlanan 99 yanlış anlamlı mutasyondan 6'sı (T56P, C57Y, K204I, S207F, G215V ve W217C) patojenik olarak belirlendi. Tüm mutasyonların öncelikli olarak akciğer kanserinde bulunduğu ve IL7RA'nın ekstraselüler alanında yerleştiği tespit edildi. Her ne kadar hiçbiri IL7 etkileşiminin ara yüzünde olmasa da, hepsi korunmuş motiflerin yanında veya yakınında konumlanmışlardı. Bu yakınlık IL7RA'yı istikrarsızlaştırmakta ve bağlanma paternini büyük ölçüde değiştirmektedir. IL7RA yanlış anlamlı mutasyonları muhtemelen proteinin işlevini değiştirdiği için akciğer kanserinde önemli bir role sahip olabilir.