Özet

Dayanak

Atlar (Equus caballus), evcilleştirmenin bir sonucu olarak birçok farklı görev için yetiştirilmiş ve bununla birlikte çeşitli ırklar elde edilerek tür içi genetik çeşitlilik artmıştır.

Amaçlar

Bu çalışma, Türk yılkı ve evcil at ırklarının mitogenom karakterizasyonu ve filogenetik ilişkilerine odaklanmıştır.

Yöntemler

Bu çalışmada Türkiye yılkı ve yerli at ırklarının tüm mitogenomu ilk kez uzun parçalı polimerazzincir reaksiyonu ile çoğaltılmış, Illumina MiSeq platformu ile ~4000× kapsamla dizilenerek karakterize edilmiş ve filogenetikilişkileri incelenmiştir.

Bulgular

Türk atlarına ait mitogenomlar 16.657 baz çifti uzunluğunda olup 13 protein kodlayan gen (PCG), 22 transfer RNA (tRNA) geni, iki ribozomal RNA (rRNA) geni, bir replikasyon başlangıç bölgesi (O_L) ve bir kodlamayan kontrol bölgesi (displacement-loop) içermektedir. Mitogenomlarda ND6 geni ile sekiz tRNA (tRNA^Gln, tRNA^Ala, tRNA^Asn, tRNA^Cys, tRNA^Tyr, tRNA^Ser(UCN), tRNA^Glu ve tRNA^Pro) hafif iplik (L) üzerinde kodlanırken; replikasyon başlangıç bölgesi (O_L), 12 PCG, 14 tRNA ve iki rRNA geni ağır iplik (H) üzerinde kodlanmıştır. Dizilenmiş mitogenomların intergenik bölgelerinde toplam 45 boşluk (gap) ve 68 bindirme (overlap) belirlenmiştir. Maksimum Olabilirlik filogenetik ağacında yılkı atı; Kuzey Amerika, Orta Doğu, Güney Avrupa ve Orta Asya’dan ırklarla birlikte A haplogrubunda, evcil at ise Güney Avrupa ve Orta Avrupa’dan ırklarla birlikte B haplogrubunda kümelenmiştir.

Sonuç

Bu çalışma, Türk atları için ilk kapsamlı mitogenom verilerini sunarak evrimsel biyoloji, genetik çeşitlilik ve koruma çalışmalarına önemli katkı sağlamaktadır. Ayrıca gelecekte yapılacak karşılaştırmalı ve evrimsel genomik araştırmalar için temel bir kaynak oluşturmaktadır.